Футбол проник на територію Таджикистану на початку XX століття. Тоді були створені футбольні команди в Душанбе і Худжанді, між якими почали проводитися міжміські матчі. Чемпіонат Таджицької РСР почав розігруватися з 1937 року, а розіграш Кубка Таджицької РСР став проводитися ще пізніше.
Аж до середини 1991 року Таджикистан входив до складу СРСР і мав свою збірну як і інші союзні республіки, які в основному проводили матчі всередині команд і збірних СРСР, зокрема в футбольних турнірах Літньої Спартакіади народів СРСР. Збірна Таджицької РСР брала участь у всіх розіграшах футбольного турніру Літньої Спартакіади народів СРСР. Футбольні клуби Таджикистану в ті часи також брали участь в чемпіонаті СРСР з футболу.
Після розпаду СРСР і здобуття незалежності Таджикистаном, була організована збірна Таджикистану нового скликання. Свої перші матчі збірна провела в 1992 році. Першою грою збірної Таджикистану став матч проти збірної Узбекистану (2:2), в рамках Кубку Центральної Азії 1992 ініційований ФІФА. Ці матчі офіційно зареєстровані ФІФА на основі того, що збірній Таджикистану було дозволено з 1992 року брати участь в турнірах, що проводяться під егідою ФІФА. На розіграші цього турніру в форматі ліги, збірна Таджикистану після другого туру відмовилася від участі в турнірі, через фінансові труднощі. У 1993 році збірна не проводила жодного матчу через розпал в Таджикистані громадянської війни і фінансових труднощів. У 1994 році Таджикистан був офіційно прийнятий до АФК і ФІФА. У 1995 році збірна також не проводила жодного матчу. Протягом 1990-х років збірна виступала нерегулярно через громадянську війну і брак фінансів. Зокрема, повністю пропущені сезони 1995, 2001 і 2002 років.
У 1996 році збірна зіграла лише два матчі в рамках кваліфікації до Кубку Азії 1996 проти збірної Узбекистану. Перший матч проходив в Душанбе і закінчився з розгромним рахунком 4:0 на користь збірної Таджикистану, а в другому матчі в Ташкентізбірна Узбекистану також розгромила Таджикистан з рахунком 5:0 і таким чином збірна Таджикистану не змогла отримати путівку на Кубок Азії 1996 року, який проходив в ОАЕ. У 1997-1999 роках збірна зіграла 15 матчів, з яких перемогу здобула в 7 матчах. У 2002 році у відбірковому матчі Чемпіонату світу збірна виграла з рекордним рахунком 16:0 у команди Гуаму, програвши потім з рахунком 0:2 Ірану. На 14 березня2012 року збірна провела 98 офіційних матчів (включаючи ігри, проведені в 1992-1993 роках).
Наступні гравці були викликані для участі у відбіркових матчах чемпіонату світу 2018, зокрема проти збірної Киргизстану, Йорданії та Бангладешу (жовтень-листопад 2015).[2] Статистика гравців на 12 листопада 2015 до матчу проти збірної Бангладеш.
Принциповими суперниками збірної Таджикистану є збірні країн Центральної Азії, з яких основними суперниками є збірні Узбекистану і Киргизстану. Збірна Таджикистану також має деяке суперництво зі збірною Афганістану і збірною Ірану. Вболівальники збірної Таджикистану мають дружні стосунки з уболівальниками збірної Афганістану, Ірану та іноді з уболівальниками інших збірних країн Центральної Азії, якщо їх збірна грає проти збірної, яка не є центральноазіатською.